Rejestracja leków w procedurze narodowej dotyczy w założeniu produktów leczniczych rejestrowanych w pojedynczych krajach. Procedura rejestracji trwa 210 dni wraz z przerwami na przedstawienie odpowiedzi na pytania Urzędu Rejestracji i uzupełnienie dokumentacji (tzw.clock-stop).
Niewątpliwą zaletą rejestracji leków w procedurze narodowej jest brak konieczności uzyskiwania zgody na rozpoczęcie procedury, czyli tzw. slotu jak ma to miejsce w przypadku MRP i DCP, wadą natomiast jest zwykle dłuższy czas samej procedury w stosunku do MRP i DCP, jak również mniej przewidywalny kalendarz samej procedury. Rejestracja leków w procedurze narodowej jest najbardziej zróżnicowana pod względem dodatkowych wymagań w poszczególnych krajach.